Синагога «Хабад» была построена в 1895 году на месте более старой, обозначенной на плане 1855 года по улице Виттовской д. 21 (ныне ул. Горького д.27). В начале ХХ века ее посещало 1500 человек. По этому адресу был большой комплекс общины «Хабад», в глубине двора левее синагоги, располагалась малая синагога «Хабад II» («Вторая комната»), предназначенная для ревнителей веры. Её посещало 300 человек. Справа от главного входа большой синагоги располагался Дом Еврейского благотворительного общества (Горького, 29), теперь в нём контрольно-ревизионный отдел.
В 1920-1921 годах синагога «Хабад 1» имела на текущем счету в Первой Херсонской Судсберкассе 35000 рублей капитала специального назначения (больницы для больных) – 100000 рублей. Всего 135000 рублей.
Действовала синагога до 1941 года. Во время оккупации города немцами оба здания синагог были разрушены (сожжены).
В 1947 году здание синагоги «Хабад 1» было восстановлено и переоборудовано в 1952 году под общежитие завода Петровского. Использовалась она и для нужд других учреждений, в частности лечения алкогольных больных.
Осенью1990 г. синагога возобновила свою деятельность. Помещение было передано иудейской религиозной общине «Хабад». В ней находился областной центр возрождения еврейской культуры и религии. Руководитель музея при Херсонской религиозной общине «Хабад»: Борис Непомнящий
В 1999 проведен капитальный ремонт здания, а в 2003-2005 – полная внутренняя реконструкция с пристройкой с юга нового здания.